בית הילדים הוא מסגרת חינוכית טיפולית ומעשירה המיועדת לילדים השוהים במקלט, ובזמן חופשות גם לילדים המתגוררים עם אמותיהם בדירות המעבר.
בית הילדים פועל בכל ימות השנה ומעניק לילדים סביבה חמה, תומכת ומעשירה.
בית הילדים ממוקם במבנה של המקלט ומהווה חלק בלתי נפרד מתפקודו. יש בו מרחב פעילות נעים מאוד, עשיר באביזרים ובתכנים. כל הילדים השוהים במקלט עם אמותיהם, מהתינוקות שבהם ועד הבוגרים, מוצאים בו את מקומם. מדי יום מטפל בית הילדים ב-30 ילדים עד גיל 16.
צוות בית הילדים נותן מענה מקיף לצרכים הרבים והמיוחדים של הילדים. כולם נפגעו מן האלימות אם ישירות ואם שהיו עדים לה, והושפעו מהפחד ומחוסר הביטחון הבסיסי שליוו את גדילתם וניתבו את חייהם. הקשיים שלהם רבים ומתבטאים אצל כל אחד ואחת בצורה אחרת – חוסר ביטחון, פחדים, בעיות למידה חמורות, אינטראקציה קשה עם העולם החיצון – מבדידות ועד תוקפנות, קשיי אכילה, הרטבה ובעיות בריאות שונות. הילדים מגיעים למקלט עם מטען חיים עצוב זה, שמתלווה אליו חרדת הניתוק הפתאומי מן הבית ומן הסביבה הקרובה והמוכרת.
בית הילדים מהווה סביבה חינוכית, חברתית וטיפולית המקבלת ומכילה את הילדים ברגעים הקשים של הגעתם למקלט ועד יציאתם ממנו. הילדים נמצאים בו משעות הבוקר המוקדמות ועד שעות אחר הצהריים המאוחרות. הם מוצאים במסגרתו אוזן קשבת וחיבוק מרגיע, מקבלים עזרה בהכנת שיעורי בית, שומעים סיפורים, מציירים, שרים ומשחקים. הם בוכים וכועסים, עצובים ומתגעגעים, וכל זאת בעזרת צוות עובדים מיומן ומסור ביותר, היודע לעזור ולתמוך במצוקתם ומעניק להם, בעת שהייתם במקלט, חוויה מתקנת רבת השפעה.